Nació el 26 de diciembre de 1776 en Caracas (Venezuela). Cursó estudios en la escuela de los Landaeta.
En 1804 asiste junto al artista José de la Cruz Limardo, a clases de dibujo en la academia privada del pintor italiano Onofre Padroni en Caracas. En 1808 trabaja en la reconstrucción de la iglesia parroquial de La Victoria, en el estado Aragua, restaurando el retablo y pintando un cuadro del Padre Eterno.
En 1812 se une a la causa independentista y es perseguido, tras el triunfo del realista Domingo de Monteverde. En 1814 Boves invade Caracas y Lovera se une a los patriotas que emigraron al Oriente de Venezuela y vive por un tiempo en la ciudad de Cumaná, donde impartió clases de pintura. Luego pasa un tiempo en Puerto Rico y Cuba, para regresar a Venezuela después del triunfo de Carabobo.
Tras su regreso imparte clases de dibujo en la escuela pública dirigida por Felipe Limardo y pinta La Divina Pastora, lienzo de tema religioso conservado en la Galería de Arte Nacional.
Fue maestro de dibujo en 1820 en la escuela de Felipe Limardo y en 1822 en la escuela para niños pobres, pardos y blancos, de don Vicente Méndez.
A partir del año 1824, realiza retratos del Libertador Simón Bolívar, José Antonio Páez, Cristóbal Mendoza y José María Vargas.
En 1828 se asocia con Francisco de Paula Avendaño y funda el primer taller litográfico de Venezuela.
Las obras más importantes y que le dieron fama, fueron: El tumulto del 19 de abril de 1810 pintado en 1835 y El 5 de julio de 1811, pintado en 1838.
Maestro de Pedro Lovera, quien para Enrique Planchart es su hijo y según Carlos Duarte tan sólo un sobrino, hijo de Fernando Lovera.
Juan Lovera falleció el 20 de enero de 1841 en Caracas.